W ciągu ponad 65 lat powojennej historii Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku odwiedziło je ponad 8,5 miliona osób, średnio ok. 130 tysięcy osób rocznie.

Jedną z zupełnie wyjątkowych w polskim muzealnictwie specjalnością fromborskiej placówki jest praca naukowo-oświatowa w dziedzinie astronomii. Służy temu planetarium działające od 1973 r.  w przyziemiu dawnej dzwonnicy katedralnej. Na kopule sztucznego nieba o średnicy 8 m, przy pomocy aparatury ZKP-2 firmy Zeiss, wyświetlane są obrazy ciał niebieskich widocznych z dowolnej szerokości geograficznej, pory dnia i roku. W ciągu ponad 40 lat pracy muzealnego planetarium odbyło się około 44.000 seansów, średnio ponad 1000 seansów rocznie, które obejrzało ponad 2.000.000 osób, średnio ok.  40.000 osób w ciągu roku.

Od 1981 r. pracę planetarium wspiera obserwatorium astronomiczne na tzw. Górze Żurawiej – najwyższym wzniesieniu w okolicach Fromborka.  W 2012 r.  rozpoczęto w tym miejscu realizacje projektu „Park Astronomiczny Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku”  w ramach Programu Operacyjnego „Zrównoważony rozwój sektora rybołówstwa i nadbrzeżnych obszarów rybackich 2007-2013” i przy wsparciu finansowym samorządu Województwa Warmińsko-Mazurskiego. Do końca marca 2015 r. zrealizowano większość prac.  W nowo powstałych pawilonach znalazły się dwa historyczne instrumenty – teleskopy marki Sendtner i Repsold. Wykonano rekonstrukcje instrumentarium Mikołaja Kopernika i  siedemnastowiecznych lunet używanych przez jezuitów w Kaliszu do obserwacji plam słonecznych. Powstał nowy budynek recepcyjny z salą dydaktyczną. Obecnie Park jest miejscem, w którym  popularyzowana jest astronomia oraz postać i nauka Mikołaja Kopernika,  nastawionym przede wszystkim na edukację dzieci i młodzieży.

Inną stosunkowo nową  pasją fromborskich muzealników jest  historia medycyny.  Działania  rozpoczęto kiedy dyrektorem instytucji był Tadeusz Piaskowski (1978 – 1988). Eksponaty z tej dziedziny  można zobaczyć w odbudowanym zespole poszpitalnym św. Ducha przy ul. Starej we Fromborku.

Stała wystawa  zbiorów działu historii medycyny jest udostępniana od 1991 r.,  a od 1997 r. towarzyszy jej wystawa warmińskiej rzeźby i malarstwa XVI-XIX w.  Od kilku lat przy zespole poszpitalnym udostępniany jest do zwiedzania ogród ziół.

Od samego początku istnienia instytucji dążono do tego aby to miejsce było świątynią nauki i sztuki, założoną i rozwijaną w hołdzie dla największego uczonego nowożytnej Europy – twórcy obecnego obrazu świata. Po ponad 65 latach istnienia nie udało się w pełni zrealizować tego zamiaru. Może najbliższe lata pozwolą na to i spełnią się marzenia założycieli Muzeum z połowy lat 40-tych XX w.