Siedzibą Muzeum jest kamienica zbudowana w 1896 roku jako rezydencja mieszczańska dla żydowskiego radcy handlowego i przedsiębiorcy budowlanego Bernharda Schwersenza.

Pałac Mieszczański to okazała budowla, podpiwniczona, z poddaszem, wzniesiona na rzucie odwróconej litery L. Skrzydło od strony ulicy Solankowej mieściło hol oświetlony dużym oknem wypełnionym secesyjnym witrażem; wytworną klatkę schodową i reprezentacyjne pokoje. W bocznym skrzydle znajdował się pion gospodarczy z odrębną komunikacją tzw. „kuchennymi schodami”. Dziś znajdują się w nim wystawy dotyczące życia i twórczości Jana Kasprowicza, Stanisława Przybyszewskiego i Stanisława Szenica. Ponad to przygotowana została specjalna wystawa prezentująca gabinet Szenica z pełnym wyposażeniem. W muzeum znajduje się także imponująca ekspozycja opowiadająca o historii inowrocławskiej halurgii. Za budynkiem głównym znajdują się pomieszczenia gospodarcze – wozownia, w której zlokalizowany jest Dział Archeologii.

Muzeum prowadzi następujące działy:

– Biograficzno-Literacki – zbiory poświęcone wybitnym ludziom pochodzącym z Kujaw, w tym największy w kraju zbiór pamiątek, rękopisów i pierwodruków dzieł Stanisława Przybyszewskiego, bogata kolekcja pamiątek po Janie Kasprowiczu,
– Historyczny – fotografie, dokumenty, militaria, archiwalia znanych rodów kujawskich, m. in. Kozłowskich i Trzcińskich, zbiory obrazujące historię inowrocławskiego górnictwa solnego,
– Archeologiczny – zbiory z prac wykopaliskowych prowadzonych na terenie Kujaw Zachodnich i Pałuk, m.in. na cmentarzysku kultury łużyckiej w Czerniaku, na zamku w Wenecji, we wczesnośredniowiecznej osadzie w Szarleju, na terenie klasztoru franciszkanów w Inowrocławiu,
– Sztuki – dzieła z okresu Młodej Polski, m.in. obrazy Stanisława Wyspiańskiego, Juliana Fałata, Teodora Axentowicza, Olgi Boznańskiej, Jana Stanisławskiego, rysunki Jacka Malczewskiego, malarstwo, rzeźba i rzemiosło artystyczne miejscowych artystów, kolekcja Stanisława Staszica,
– Etnograficzny – XIX- i XX-wieczna sztuka ludowa Kujaw; od 1979 r. Muzeum organizuje konkurs „Kujawska sztuka ludowa” połączony z wystawą pokonkursową, prezentacje odbywają się co dwa lata i gromadzą prace twórców ludowych z regionu całych Kujaw,
– Naukowo-Oświatowy,
– Bibliotekę.