Muzeum historyczne założone w 1899 roku, którego główna siedziba mieści się w Pałacu pod Krzysztofory przy Rynku Głównym w Krakowie. Muzeum, powołane do życia jako oddział Archiwum Akt Dawnych miasta Krakowa, kilkakrotnie zmieniało swoją siedzibę; najpierw znajdowało się w budynku Archiwum Państwowego przy ulicy Siennej, potem w Domu pod Krzyżem (ul. Szpitalna), w Kamienicy Krauzowskiej (ul. św. Jana) i od 1964 roku w Krzysztoforach. Początkowo Muzeum nie eksponowało swoich zbiorów, dopiero w 1952 przy ul. św. Jana została otwarta pierwsza wystawa stała.

Od początku swojego istnienia Muzeum dba o kultywowanie lokalnych tradycji, takich jak Lajkonik, bractwo kurkowe czy szopki krakowskie (od 1946 jest organizatorem konkursu szopek krakowskich).