Muzeum Sztuki Współczesnej mieści się w klasycystycznym budynku dawnej komendantury garnizonu twierdzy szczecińskiej, wybudowanym w czwartej ćwierci XVIII wieku, w późniejszych latach wielokrotnie przekształcanym. Aż do końca drugiej wojny światowej służył on władzom wojskowym. W latach 70. XX wieku został przekazany Muzeum Narodowemu w Szczecinie.

W 1980 roku, po adaptacji, stał się siedzibą oddziału muzeum związanym ze sztuką współczesną. Poprzez cykle wystaw czasowych realizowany jest program upowszechniania i promocji sztuki współczesnej w oparciu o kolekcję własną (sztuka polska i obca) oraz projekty opracowywane we współpracy z innymi instytucjami, organizacjami i artystami w kraju i za granicą.

Obok prezentacji istotnych zjawisk w sztuce polskiej, programu regionalnego skoncentrowanego na najważniejszych indywidualnościach twórczych w regionie Pomorza Zachodniego, muzeum koordynuje międzynarodowy program Mare Articum, w ramach którego organizuje m.in. Bałtyckie Biennale Sztuki Współczesnej.