Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego – muzeum mieszczące się w budynku Collegium Maius Uniwersytetu Jagiellońskiego, na rogu ulicy św. Anny i Jagiellońskiej w Krakowie. Wywodzi się z Gabinetu Archeologicznego Uniwersytetu, założonego w 1867 roku przez prof. Józefa Łepkowskiego.

Muzeum posiada stałą ekspozycję poświęconą dziejom uniwersytetu. Zbiory podzielone są na siedem kolekcji[1]:

Kolekcja instrumentów naukowych (ok. 2000 obiektów) – składa się na nią głównie dawne wyposażenie pracowni, m.in.:
• arabskie astrolabium z 1054 roku;
• aparat do skraplania gazów z 1884 r. projektu prof. Karola Olszewskiego;
• kolekcja globusów z Globusem Jagiellońskim i globusami Gerarda Mercatora z XVI wieku.
Kolekcja malarstwa zachodnioeuropejskiego (21 obrazów i antyczna rzeźba) – przedstawiająca malarstwo od XVI do XIX wieku, m.in. Wenus i Amor Jana Massysa z 1561 roku oraz Duch ojca Hamleta na zamku w Elsynor Eugène Delacroix.

Kolekcja klisz i fotografii (ok. 35 000 starych negatywów i ponad 1000 fotografii) – m.in. zbiory klisz znanych fotografów: Antoniego Pawlikowskiego, Józefa Kuczyńskiego, Stanisława Muchy i Stanisława Kolowcy, negatywy prezentujące zabytki Krakowa sprzed II wojny światowej oraz portrety fotograficzne profesorów krakowskich uczelni i innych wybitnych postaci.

Kolekcja rzeźby – zbiory rzeźby średniowiecznej; rzeźby barokowe, w tym brązowe modele anatomiczne wykonane przez Pietro Francavillę oraz rzeźby z XIX i XX wieku, autorstwa m.in. Franciszka Wyspiańskiego, Konstantego Laszczki i Igora Mitoraja.
Kolekcja grafiki (ok. 5000 sztuk) – obejmuje akwarele i rysunki artystów polskich oraz ryciny artystów polskich i zagranicznych z XV-XX wieku. Również największy w Polsce zbiór rysunków i grafik Feliksa Topolskiego oraz Adama Hoffmana.

Kolekcja rzemiosła artystycznego (ok. 7000 obiektów) – wyroby złotnicze, tkaniny, ceramika, meble, naczynia cynowe, mosiężne, brązy złocone, insygnia rektorski w tym tzw. berło królowej Jadwigi.
Kolekcja klocków drzeworytniczych (ok. 3000 obiektów) – m.in. klocki, z których odbijano w latach 1533-1534 drzeworyty w Biblii Wittenberskiej z 1534 roku.

Ekspozycje przedstawiana jest w: salach Libraria (dawna biblioteka) i Stuba Communis (dawna jadalnia profesorów), pokojach profesorskich, pokoju Kopernika (mieszczącym stałą ekspozycję poświęconą Kopernikowi), Auli, mieszkaniu św. Jana Kantego i w Zielonej Sali.