Jest to wielodziałowe muzeum typu historyczno-artystycznego, którego organizacja podporządkowana została głownie sprawom odbudowy, zagospodarowania i właściwego utrzymania zamku. Równolegle do tych prac Muzeum prowadzi również działalność naukową w zakresie archeologii Dolnego Powiśla oraz historii sztuki i kultury Prus Królewskich, głównie w oparciu o posiadane zbiory. Gromadzenie, zabezpieczanie, naukowe opracowanie i udostępnianie dzieł dawnej i współczesnej sztuki to kolejne istotne zadania malborskiej placówki.

U progu swej działalności Muzeum dysponowało jedynie tymi obiektami z dawnych zbiorów zamkowych, które ocalały z pożogi wojennej i fali szabrowników po 1945 r. Obok detali architektonicznych były to nieliczne eksponaty rzeźby średniowiecznej i mebli pseudogotyckich z końca XIX w. Obecnie w ogólnej liczbie ponad 40 tysięcy muzealiów mieszczą się tak cenne zbiory, jak np. zaliczana do największych w Europie kolekcja średniowiecznych elementów architektonicznych, unikatowy w skali światowej zbiór artystycznych wyrobów z bursztynu, efektowny zestaw dawnej broni i uzbrojenia, czy nawiązująca do historycznych mennic malborskich bogata kolekcja numizmatów. Efektem włączania się Muzeum w nurt europejskiego życia kulturalnego były organizowane od początku lat sześćdziesiątych XX wieku Międzynarodowe Biennale Ekslibrisu Współczesnego, wprowadzające zamek w orbitę wysokiej rangi światowej twórczości artystycznej. Kontynuowane do dziś stało się już najstarszą cykliczną imprezą artystyczną w Polsce i najpoważniejszą manifestacją tej dziedziny grafiki na świecie. Szerokiego rozgłosu przyczyniają Muzeum w dużej mierze liczne wystawy arcydzieł bursztynowych za granicą; w ostatnich latach były one eksponowane w czołowych muzeach Niemiec, Wielkiej Brytanii, Finlandii, Szwecji, USA i Japonii.

Zamek jest dziś siedzibą żywego ośrodka muzealnego, ściągającego każdego roku ponad półmilionową rzeszę turystów z całego świata. Jest miejscem spotkań ludzi nauki i kultury, dziennikarzy i polityków, jest plenerem nowo powstających filmów i odbywających się często koncertów.