Misją MZL jest gromadzenie i ochrona materialnego i duchowego dziedzictwa kulturowego ziem nad środkową Odrą, którym po II wojnie światowej nadano historyczną nazwę “Ziemia Lubuska”.

Poprzez działalność wystawienniczą, edukacyjną, badawczą i organizację wydarzeń muzealnych MZL dąży do stwarzania sprzyjających warunków uczestnictwa w kulturze i dostępu do edukacji odbiorcom niezależnie od wieku, przekonań, wykształcenia, stopnia niepełnosprawności czy pochodzenia.