Muzeum wielodziałowe, gromadzące zbiory archeologii, sztuki dawnej i współczesnej, historyczne, numizmatyczne, nautyczne, etnograficzne. Utworzone zostało 1 sierpnia 1945 roku jako polskie Muzeum Miejskie w Szczecinie. Założycielem i organizatorem placówki był przybyły z Poznania Lech Krzekotowski, a jego działania wspierał pionier szczecińskiego muzealnictwa – Kazimierz Haska. Muzeum przejęło pozostałości zbiorów Stadtmuseum na Hakenterasse (dziś Wały Chrobrego) i Pommersches Landesmuseum – dawniej Pałac Sejmu Stanów, przy ul. Staromłyńskiej 27, gdzie mieści się Galeria Sztuki Dawnej. Rozpoczęło także kolekcjonowanie polskiej sztuki współczesnej. W kolejnych latach zwiększało swoje zbiory najpierw dzięki depozytom z innych muzeów polskich, potem tworząc stopniowo kolekcje własne.

Jesienią 1947 roku muzeum zyskało status placówki okręgowej i jako Muzeum Pomorza Zachodniego sprawowało opiekę merytoryczną nad muzeami zachodniopomorskimi. W roku 1970 w uznaniu ponadregionalnej wartości zbiorów zostało podniesione do rangi Muzeum Narodowego. W latach 70. Muzeum Narodowe w Szczecinie wzbogaciło się o dalsze dwa gmachy: Ratusz Staromiejski, w którym utworzono Muzeum Historii Szczecina oraz lewe skrzydło budynku dawnej komendantury garnizonu twierdzy szczecińskiej, w którym dzisiaj mieści się Muzeum Sztuki Współczesnej.