Muzeum Narodowe w Krakowie posiada bogaty zbiór dzieł sztuki polskiej, europejskiej i pozaeuropejskiej, co stawia je na pozycji jednej z najważniejszych i najciekawszych kolekcji nie tylko w Polsce, ale na świecie. W początkach istnienia instytucji miasto Kraków przekazało dwie ówcześnie wyremontowane sale na pierwszym piętrze Sukiennic, jako pomieszczenia wystawiennicze dla muzeum. Kolekcja muzealna, składająca się w swych początkach z kilkunastu obrazów, nieustannie powiększana licznymi zapisami, donacjami i darami, rozwijała się w olbrzymim tempie.

Dzięki hojności Polaków w kraju i poza nim, krakowskie muzeum stało się właścicielem, gromadzonych nieraz latami zbiorów malarstwa, grafik, rzeźby, numizmatów, dzieł rzemiosła artystycznego, starodruków, rękopisów i pamiątek związanych z historią kraju, postawami o charakterze narodowowyzwoleńczymi. Wraz z powiększającymi się zbiorami muzeum otrzymało od miasta, bądź prywatnych fundatorów, budynki z przeznaczeniem na cele wystawiennicze, dzięki czemu dzisiejsza struktura Muzeum opiera się nie tylko na Gmachu Głównym, lecz także na ośmiu oddziałach, mieszczących się w historycznych budynkach w centrum Krakowa.

Bezcenne zbiory tworzą dzieła rzemiosła i sztuki z różnych czasów i z różnych rejonów świata, jednak podstawą zbiorów muzeum są dzieła sztuki polskiej lub z Polską związane, takie jak m.in. czara włocławska, Madonna z Krużlowej, Pochodnie Nerona Henryka Siemiradzkiego, Szał uniesień Władysława Podkowińskiego, Dziewczynka z chryzantemami Olgi Boznańskiej i wiele innych. Charakterystyczne dla krakowskiego muzeum jest istnienie w jego strukturze organizacyjnej muzeów biograficznych, upamiętniających najwybitniejszych, wybranych artystów Krakowa: Jana Matejkę, Józefa Mehoffera, Stanisława Wyspiańskiego, a także kompozytora, Karola Szymanowskiego.

Muzeum sprawuje opiekę i zarząd nad Muzeum i Biblioteką Czartoryskich, które są własnością Fundacji Książąt Czartoryskich. Z książęcej kolekcji pochodzą m.in. Dama z gronostajem Leonarda da Vinci, Krajobraz z miłosiernym Samarytaninem Rembrandta.