Od dnia 29 grudnia 2016 roku, Muzeum Książąt Czartoryskich jest oddziałem Muzeum Narodowego w Krakowie

Muzeum XX. Czartoryskich jest związane z nazwiskiem jednej z najwybitniejszych rodzin magnackich dawnej Polski. Zostało założone w Puławach (Polska Centralna), w 1801 roku, przez księżnę Izabelę z Flemmingów Czartoryską.

Muzeum mieszczące się w dwóch budynkach; Świątyni Sybilli i Domu Gotyckim, było kolekcją romantyczno – sentymentalną i gromadziło przede wszystkim pamiątki dotyczące historii Polski oraz obiekty związane ze sławnymi ludźmi.

Od początku swojego istnienia Muzeum miało charakter narodowy, a powołano je celem zachowania dla przyszłych pokoleń Polaków ocalonych przez księżnę Izabelę zabytków kultury i sztuki, o czym informuje napis „Przeszłość przyszłości” umieszczony nad wejściem Świątyni Sybilli.

Klęska skierowanego przeciw Rosji powstania listopadowego i związane z tym zagrożenie konfiskaty zbiorów, zmusiło Adama Jerzego Czartoryskiego syna Izabeli do wywiezienia kolekcji z Puław. W efekcie zbiory muzealne trafiły ostatecznie do Paryża, gdzie przechowywane były w Hotel Lambert.

Niebezpieczeństwa, na jakie były narażone zbiory w okresie Komuny Paryskiej, w roku 1870, skłoniły księcia Władysława Czartoryskiego do ponownego przeniesienia Muzeum i Biblioteki na teren ziem polskich. Na nową siedzibę kolekcji wybrano terytorium ówczesnego zaboru austriackiego, gdzie rodzina Czartoryskich posiadała majątki ziemskie. Dodatkową zaletą nowej lokalizacji była stosunkowo stabilna sytuacja polityczna oraz liberalizm, z jakim traktowano odrębności kulturalne poszczególnych części składowych cesarstwa Austro-Węgierskiego.

Muzeum wraz z Biblioteką oraz rezydencja rodziny Czartoryskich znalazły siedzibę w Krakowie, w zespole budynków położonych przy ulicach Św. Jana oraz Pijarskiej. W skład budynków muzealnych weszły: dawny Arsenał miejski, budynek popijarski (tzw. Klasztorek) oraz trzy kamienice zakupione przez księcia Władysława.

Książę Władysław Czartoryski nie tylko stworzył nową siedzibę Muzeum i dzięki swym wysiłkom istotnie powiększył kolekcję, ale również zmienił jej charakter. Sentymentalny zbiór pamiątek i dzieł sztuki związanych ze słynnymi osobistościami został zastąpiony przez nowoczesną jak na owe czasy galerię. Pamiątki puławskie zostały złożone w mieszczących się w Klasztorku tzw. „Ciekawościach”.

Władysław Czartoryski zabezpieczył także działalność finansową Muzeum i Biblioteki. W 1897 roku powołana została tzw. Ordynacja Sieniawska – fundacja gwarantująca zachowanie Muzeum i Biblioteki w nienaruszalnym stanie. Pierwszym ordynatem został Adam Ludwik syn Władysława. Ordynacja przetrwała do 1945 roku.

W czasie II wojny światowej ostatni ordynat, Augustyn Czartoryski został przez hitlerowców zmuszony do opuszczenia Polski, a samo Muzeum poniosło poważne straty. Do najważniejszych strat zaliczyć należy „Portret młodzieńca” pędzla Rafaela, tzw. „Szkatułę królewską” oraz złotnictwo starożytne i nowożytne.

W 1945 roku po objęciu władzy przez obóz komunistyczny. Muzeum dostało się pod zarząd Państwa, a w 1950 roku zostało włączone do Muzeum Narodowego w Krakowie jako jeden z oddziałów. W tym czasie ekspozycja Muzeum powiększyła się o I piętro w pałacu (dawne mieszkanie książąt Czartoryskich), w dawnej sali Biblioteki urządzono stałą ekspozycję sztuki starożytnej, zaś w Klasztorku udostępnionym dla zwiedzających, zaaranżowano wnętrza nawiązujące do puławskiej Świątyni Sybilli i Domu Gotyckiego.

Przełom polityczny, jaki nastąpił w 1989 roku, umożliwił Adamowi Karolowi Czartoryskiemu prawnemu następcy ostatniego ordynata, odzyskanie zbiorów i powołanie Fundacji XX. Czartoryskich kontynuującej tradycje Ordynacji Sieniawskiej.

Obecnie na podstawie porozumienia pomiędzy Fundacją XX. Czartoryskich a Muzeum Narodowym w Krakowie Muzeum XX. Czartoryskich administrowane jest przez tę ostatnią instytucję.