Położone na Powiślu, przy Wybrzeżu Kościuszkowskim 22, w sąsiedztwie Centrum Nauki Kopernik i Biblioteki Uniwersyteckiej (BUW), Muzeum nad Wisłą mieści się w pawilonie projektu austriackiego architekta Adolfa Krischanitza, służącym w latach 2008-2010 jako tymczasowa siedziba Kunsthalle w Berlinie.
Pawilon został użyczony Muzeum bezpłatnie przez wiedeńską fundację…
